En 1916 se instaura el régimen independentista de Humberto Gómez y Arévalo Cedeño, quienes proclamaron la independencia de la población y del actual territorio departamental. La República de Arauca, aunque no contó con el reconocimiento formal de ninguna entidad estatal, fue una clara expresión de la abnegación y el olvido que ha sufrido la región. Durante la toma del poder en las vísperas a la Independencia, fue tomado el cuartel de la Guardia Nacional Colombiana; «como resultado de ese ataque murieron el comisario especial, General Esteban Escallón y el Coronel Pedro Ramírez con ocho de sus compañeros. Gómez y sus subalternos quemaron los archivos de la comisaría especial, juzgado del circuito y Alcaldía; se robaron más de dos mil pesos de la aduana y administración de la hacienda; robaron también ganado vacuno, bestias y dinero en no despreciable cantidad, a cuantas personas pudientes hallaron; incendiaron el pueblo de El Viento y algunas casas de fundaciones aisladas de los poblados; a un honrado ciudadano que se negó a entregarles determinada suma de dinero le amarraron una soga al cuello y lo colgaron a un palo, atándolo después a la cola de un caballo. En el incendio de El Viento, aparte de las casas que se quemaron, quedó reducido a cenizas a un almacén que contenía valiosas existencias». A partir de estos hechos, en 1917 el corregimiento de El Viento pasa a ser parte de Venezuela, esto debido a la imposibilidad de Colombia de defender sus territorios. Para este mismo año arriban la misión de las Hijas de la Caridad (Vicentinas) en cabeza de la hermana francesa Sor Marie Margarite Desplat.
En 1953, es centro de apoyo de las guerrillas liberales de Guadalupe Salcedo. Durante estos años, Arauca vuelve a ser centro político de la región, siendo sitio de reunión de las fuerzas guerrilleras con el gobierno militar del General Gustavo Rojas Pinilla para el año de 1955. Ese mismo año, el corregimiento de Arauca se convierte en capital de la Intendencia Nacional del Arauca, en cabeza del Jefe Civil y Militar My. Alfonso Lamus y el My. César Ferro Duque. Para el año de 1958 la empresa Avianca inaugura vuelos desde esta ciudad realizando rutas regionales y nacionales hacia Cúcuta, Bogotá y Medellín. En 1959 se convierte en Municipio, siendo su encargado inmediato Alberto Pérez Delgado. El municipio de Arauca no fue ajeno a la presencia de los grupos guerrilleros. En 1968 se origina el frente Domingo Laín Sáenz del ELN como resultado de las colonizaciones del Sarare araucano; un año después haría presencia el décimo frente de las FARC-EP. La Prefectura Apostólica de Arauca es elevada a Vicaría Apostólica, siendo su primer encargado el obispo Monseñor Jesús Emilio Jaramillo, de la comunidad Misiones de Yarumal, de Monseñor Miguel Builes. En 1974 llegan los primeros misioneros evangélicos provenientes de Bogotá, siendo la Misión de la Iglesia Pentecostal la primera en tener feligresía. Para el año 1978 son derribadas las palmeras en la denominada Avenida de las Maporas, debido al deterioro físico de las mismas y el plan de pavimentación de las principales calles de Arauca.
En 1983 se produce el boom petrolero de Arauca, gracias al descubrimiento del pozo petrolero de Caño Limón en el área rural del municipio; para el año siguiente se da inicio a las operaciones de la Asociación Cravo-Norte por parte de las empresas OXY y Ecopetrol. A partir de la fecha se produce la expansión de la población del municipio, pasando de 14.000 habitantes a 30.000 en menos de siete años.
Para 1988 se llevan a cabo las primeras elecciones municipales de forma directa, de acuerdo a la Ley 001/86, siendo los primeros candidatos el Licenciado Julio Acosta Bernal y el abogado Manuel Caropresse Méndez, quien resultó ganador de los comicios municipales. En 1990 se da inicio a la construcción de obras de infraestructura entre las cuales se destacó la villa olímpica, que constaba de un estadio de fútbol (Estadio Municipal Julio Acosta Bernal) con aforo para 4.500 personas, el velódromo Miguel Ángel Bermúdez y la manga de coleo Chapín Bello. Para el año de 1991 de acuerdo a la nueva constitución política, se llaman a elecciones en las cuales participan como candidatos José Gregorio González Cisneros "Goyo" y Manuel Caropresse Méndez, siendo "Goyo" el vencedor de estos comicios para un periodo de tres años. Durante su periodo el pueblo de Arauca pudo dar una solución a las frecuentes inundaciones, construyendo el dique perimetral, que lleva actualmente su nombre, por parte de interventores holandeses. De igual forma, se lleva a cabo la primera construcción de la red de alcantarillado con estándares internacionales por parte de firmas francesas. Para el año de 1993 es elegido alcalde el médico Ricardo Alvarado Bestene frente a su inmediato rival el abogado Caropresse Méndez. En la administración Alvarado se destaca la construcción del Centro Administrativo Municipal "El Arauco" con la idea de concentrar todas las secciones de la administración municipal en un solo lugar, ya que la Alcaldía funcionaba en antiguas casas y en instalaciones aisladas entre sí; de igual forma se fortaleció la red de salud.
